Em novembro de 2014, a Prefeitura Municipal de Canarana iniciou as tratativas para o processo de doação da área, lozalizada na entrada da cidade, anteriormente denominado Centro Universitário de Canarana, para o IFMT. Em 27 de abril de 2015, foi aprovada, por unanimidade, a Lei Municipal 1.190, autorizando a doação, ao IFMT da área de aproximadamente 36.000 metros quadrados ao IFMT. Em 15 de maio de 2015, através da Portaria 1.235, é institucionalizado o Núcleo Avançado de Canarana, vinculado ao Campus Barra do Garças.
Os primeiros cursos criados no então Núcleo Avançado de Canarana foram o Técnico em Informática na modalidade Concomitante ao Ensino Médio, autorizado pela Resolução CONSUP 33/2015 e o Técnico em Informática na modalidade subsequente ao Ensino Médio, autorizado pela Resolução CONSUP 34/2015.
O Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI) do Centro de Referência de Canarana prevê a abertura de novos cursos até 2018. O PDI foi construído através do levantamento de demanda, realizado em maio de 2015, levando em consideração a vocação e os arranjos produtivos locais.